私のつたない知識ではありますが…
オンライン診療＝診察の方法（対面診察／オンライン診察と分類できる）
オンライン資格確認＝保険証の確認方法
という違いかと思います。

オンライン資格確認を導入することで、
マイナンバーカードか、
健康保険証の記号番号等だけで、
すぐに保険資格の確認ができます。
（資格過誤の返戻が減るなど、医院窓口負担軽減。保険情報登録の手間削減。）

電子カルテがなかったとしても、
レセコンを使われているのであれば導入可能なはずです。
（紙レセコンは対象外だったような気がします）
このあたりの知識が、私はあやふやなので、
レセコンを使われている場合は、
レセコン会社さんにお問い合わせいただければ、
対応可能かどうか分かると思います。